NanoString样本提交要求


几个NanoString提供NCounter酒店检测试剂盒标准和自定义组的蛋白编码基因或弗雷德。这些测定进行因为在小于10微升的体积,至关重要的是,在很窄的浓度和体积中提供的样品。下面提供了用于mRNA miRNA和测定样品的要求指令。如果你的样品具有质量小于100毫微克,MSU请致电gtsf@msu.edu基因组学核心的有关如何进行讨论。

NanoString NCounter酒店系统还可以提供用于DNA拷贝数变异和蛋白质水平测定法。有关信息样品要求这些类型的分析,MSU请致电gtsf@msu.edu基因组学的核心。

收费MSU为所有NCounter酒店测定基因组学核心处理费,请参阅我们 定价页 对于信息。

MSU的基因组学的核心进行以下类型的测定随着NCounter酒店系统的:


NCounter酒店元件xt的用于mRNA表达分析测定


总RNA样品必须在1.5ml微量离心管中提供。个体样品管必须用样品克利标记即标识符是不同的和不超过8个字符。样品必须在我们的LIMS系统进行注册或他们被提交给基因组学核心之前出货。看到我们的 claritylims LabLink样品提交页面 有关说明和下载提交表单。

总RNA为提交,所有的样品必须被归一化至大约40毫微克/微升至200毫微克/微升在XT mRNA的测定元件。  必须以10微升或更大的体积来提供各样品中。浓度样品必须提供,并浓度必须已经使用一个量子位或其他基于荧光的定量方法测定。基于UV的定量(如NANODROP)是不可靠的,并会导致在样品处理的延迟。样品必须在无RNase水提供,你或者三缓冲。

分类细胞意见,所有的样品应具有细胞所提交的样品数的准确计数。  裂解样品必须在一个NanoString批准的裂解缓冲液RLT来提供:诸如Qiagen的,NanoString的LH缓冲器,BioRad公司的的iScript RT-qPCR的样品制备试剂或Life Technologies公司细胞对克拉裂解缓冲液。其他裂解缓冲液可能干扰探针和RNA的退火。  所有参赛作品必须发送细胞裂解液作为。365bet体育基因组学的核心是不是一个BSL级实验室和不能接受的完整细胞。这样的样品将被灭菌并丢弃。  NanoString的细胞裂解物浓度建议6500个/ ul RLT裂解缓冲液或LH,或的iScript细胞对CT的裂解缓冲液的2000个细胞/微升。这将被用于每个测定裂解物的最大体积将是RLT裂解的样品和5个PL为lhand,iscript-或细胞至CT-裂解样品1.5微升。对于NanoString建议有细胞裂解条件,并且可以具有特别是对于细胞类型具体的指导(如免疫细胞)。 NanoString更多有关细胞裂解液的制备与支持部门联系(support@nanostring.com)。样品必须被清单随附发送到该MSU基因组芯的样品中,和ESTA指明缓冲器必须与样品舱单使用。

样品必须在干冰运到MSU直接基因组学的核心。如果货物用过量干冰进行,以确保留在中转冻结而到365bet体育的样品。货物必须在周一,周二或周三进行,以帮助避免包的可能性丢失或延迟了一个完整的周末。

NanoString Elements XT reagent kit, master reagent kit and Probe A & B Master Mixes from IDT will be purchased by the researcher and sent to the MSU 基因组学 Core where it will be stored until the researcher's samples also arrive.  Note that the Probe A & B Master Mixes should be prepared by IDT.  The MSU 基因组学 Core will not prepare Probe A & B Master Mixes from individual probes.

所有样品和试剂将被保留六个月。可能是样品和试剂与由联邦快递送货账号的请求返回的研究员。

 

XT NCounter酒店测定法mRNA表达分析(标准探针NanoString面板)


总RNA样品必须在1.5ml微量离心管中提供。个体样品管必须用样品克利标记即标识符是不同的和不超过8个字符。样品必须在我们的LIMS系统进行注册或他们被提交给基因组学核心之前出货。看到我们的 claritylims LabLink样品提交页面 有关说明和下载提交表单。

总RNA为提交,所有的样品必须被归一化至大约40毫微克/微升至200毫微克/微升在XT mRNA的测定。  必须以10微升或更大的体积来提供各样品中。浓度样品必须提供,并浓度必须已经使用一个量子位或其他基于荧光的定量方法测定。基于UV的定量(如NANODROP)是不可靠的,并会导致在样品处理的延迟。样品必须在无RNase水提供,你或者三缓冲。

分类细胞意见,所有的样品应具有细胞所提交的样品数的准确计数。  裂解样品必须在一个NanoString批准的裂解缓冲液RLT来提供:诸如Qiagen的,NanoString的LH缓冲器,BioRad公司的的iScript RT-qPCR的样品制备试剂或Life Technologies公司细胞对克拉裂解缓冲液。其他裂解缓冲液可能干扰探针和RNA的退火。  所有参赛作品必须发送细胞裂解液作为。365bet体育基因组学的核心是不是一个BSL级实验室和不能接受的完整细胞。这样的样品将被灭菌并丢弃。  NanoString的细胞裂解物浓度建议6500个/ ul RLT裂解缓冲液或LH,或的iScript细胞对CT的裂解缓冲液的2000个细胞/微升。这将被用于每个测定裂解物的最大体积将是RLT裂解的样品和5个PL为lhand,iscript-或细胞至CT-裂解样品1.5微升。对于NanoString建议有细胞裂解条件,并且可以具有特别是对于细胞类型具体的指导(如免疫细胞)。 NanoString更多有关细胞裂解液的制备与支持部门联系(support@nanostring.com)。样品必须被清单随附发送到该MSU基因组芯的样品中,和ESTA指明缓冲器必须与样品舱单使用。

样品必须在干冰运到MSU直接基因组学的核心。如果货物用过量干冰进行,以确保留在中转冻结而到365bet体育的样品。货物必须在周一,周二或周三进行,以帮助避免包的可能性丢失或延迟了一个完整的周末。

适当NanoString探头和主试剂盒将被研究者购买,发送到基因组学核心MSU如果将它保存,直到研究者的样品也到达。

所有样品和试剂将被保留六个月。可能是样品和试剂与由联邦快递送货账号的请求返回的研究员。

 

NCounter酒店XT miRNA试验进行表达分析


总RNA样品必须在1.5ml微量离心管中提供。个体样品管必须用样品克利标记即标识符是不同的和不超过8个字符。样品必须在我们的LIMS系统进行注册或他们被提交给基因组学核心之前出货。看到我们的 claritylims LabLink样品提交页面 有关说明和下载提交表单。

总RNA为提交,样品必须在的浓度提供在50毫微克/微升至100毫微克/微升在XT帕测定。  必须以8个或更多微升的体积来提供各样品中。浓度样品必须提供,并浓度必须已经使用一个量子位或其他基于荧光的定量方法测定。基于UV的定量(如NANODROP)是不可靠的,并会导致在样品处理的延迟。样品必须在无RNase水提供,你或者三缓冲。

在总RNA污染物的RNA提取能抑制在所述miRNA测定方案的酶促步骤。重要的是要包括异硫氰酸胍避免污染物,盐酸胍,苯酚和乙醇。这些是RNA纯化方法的所有通用组件。如使用NanoDrop:RNA可以通过测量A260 / A280和A260 / A230比率与设备被检查污染物。 NanoString建议在260/280比率为1.9或更大且为​​最佳结果的二百三十零分之二百六比率为1.8或更大。

NanoString没有从细胞裂解物测定的miRNA的协议。 NanoString不推荐使用的miRNA作为miRNA的化验输入。相反,用作输入总RNA应是测定的miRNA。

样品必须在干冰运到MSU直接基因组学的核心。如果货物用过量干冰进行,以确保留在中转冻结而到365bet体育的样品。货物必须在周一,周二或周三进行,以帮助避免包的可能性丢失或延迟了一个完整的周末。

适当NanoString探头和主试剂盒将被研究者购买,发送到基因组学核心MSU如果将它保存,直到研究者的样品也到达。

所有样品和试剂将被保留六个月。可能是样品和试剂与由联邦快递送货账号的请求返回的研究员。

 

NCounter酒店其他化验协议


有关信息样品要求其他NCounter酒店测定,MSU请致电gtsf@msu.edu基因组学的核心。